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Pelas descobertas na zona de restos arqueologicos, pode-se dizer que a presença humana na zona de Lagoa remonta ao periodo neolitico, situação que não é de estranhar se tivermos em conta a sua posição priveligiada que albergou posteriormente a outras civilizações como os Romanos, os Fenicios, os Arabes entre outros.

Lagoa formou-se em 1773, quando esta localidade adquiriu a categoria de vila, embora ainda pertencendo a Silves.

Geograficamente Lagoa situa-se numa colina rodeada de vinhas, o que fez desta actual cidade um ponto importante de exportação de vinhos para todo o país, embora a pesca tambem tenha tido um papel muito importante na historia economica desta região. O peixe e o vinho foram os maiores produtos a exportar enriquecendo a sua economia até ao Século XX, altura em que o turismo começou e rapidamente abafou a produção de vinho e da pesca.