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Tras los descubrimientos de restos arqueológicos efectuados en la zona, se podría decir que la presencia humana en la zona de Lagoa se remonta al periodo neolítico, una situación que no es de extrañar si tenemos en cuenta su posición privilegiada, que atrajo posteriormente a otras civilizaciones, como los romanos, los fenicios o los árabes entre otros.

Comenzamos a tener consciencia de Lagoa tras la expulsión de los musulmanes, en el Siglo XIII, siglo en el que tuvo lugar la reconquista del Algarve, de localidades como son hoy Portimao, Sagres, Albufeira o Lagos. El Consejo de Lagoa se formó el 1773, cuando esta localidad adquirió la categoría de Villa, aunque seguía formando parte de Silves.

Orográficamente, Lagoa se ubica en la cima de una colina rodeada por viñedos, lo que ha hecho de esta localidad un estupendo productor de vinos, además de exportador a todo el país, aunque también la pesca ha formado parte en la historia económica de esta ciudad. El pescado y el vino han sido sus grandes productos a exportar y los grandes ejes de su economía hasta el siglo XX, cuando el turismo empezó a comer terreno a los dos.